二类医疗器械注册证的代办费用会根据不同的代办机构和具体情况而有所差异。费用的确定通常基于以下因素：

1. 代办机构：不同的代办机构可能有不同的收费标准和定价策略。一些代办机构可能提供全套代办服务，包括准备申请材料、办理申请手续、与监管机构沟通等，而其他机构可能只提供特定的代办服务。因此，费用会因代办机构的服务范围和定价策略而有所差异。

2. 申请的复杂性和工作量：不同的二类医疗器械注册证申请可能具有不同的复杂性和工作量。如果申请的医疗器械较为复杂或需要提供大量的技术和临床数据，代办机构可能会收取更高的费用。

3. 其他服务费用：代办机构可能会收取额外的服务费用，例如文件翻译费用、专业咨询费用、文件递交费用等。这些费用可能因机构的服务范围和所提供的附加服务而有所不同。

由于具体的费用会根据不同的代办机构而有所差异，建议您与多家代办机构进行联系，了解其服务范围和费用政策。您可以向代办机构咨询详细的费用结构和支付方式，以确保对费用有清晰的了解，并选择符合您需求和预算的代办机构。